>>693
インストーラー版は上位バージョンに上書きアップグレードが可能です。
ですが下位バージョンへのダウングレード時には警告が出てきます。
下位互換は無い不具合が出る。アンインストール後に新規にインストールして。
警告を無視して続行したい？ と言った感じの内容です。
ですのでキャッシュ・設定が反映されないのであれば仕様ではないかと思われます。

もしかするとインストール条件により状況が変わる可能性も考えられるので、
上位EXE下位Zip、上位Zip下位EXE、両方Zipで検証してみると良いかもしれません。
これで駄目ならば仕様として諦めて、OSでアカウントを作りユーザ切り替えで運用する等別の方法を検討。
しかしそこまで固執するメリットはないですね。>>695の言う事が尤もな意見です。

VLC自体がオープンソースのコーデック・ライブラリの集合体なので、
それらの不具合・仕様変更でバグが延々と出続けているのが実情です。
安定版リリースのバージョンは修正せずに次期バージョンへ反映されるので、
メモリーリークやクラッシュ等深刻なバグが出た時点でゴミなのです。
どうしても使い分けなければならない特殊例があるとすれば、
WinXp/VISTAをWin7にアップグレード後にTVチューナーが使えない状況下。
2.xで使えたが3.xでは設定してもチューナー起動に失敗するという場合位ですかね。