インストーラ版使ったことがないのでなんとも言えないが
ポータブル版はAPPDATAは使わないし、レジストリは共通だろうけど
エントリを作成・削除するだけで実際には有効なデータは格納しないし影響は無いと思う
可能性としては、IronPortable.exeを起動させずにchrome.exe（又はiron.exe)を起動したら
APPDATAを使っちゃうんで従来のデータに上書きしちゃうけど
そういう覚えはないか？