EmulationStation Desktop Editionのマニュアル見てたんですけど、複数ディスクゲームの認識方法がいいですね
https://gitlab.com/leonstyhre/emulationstation-de/-/blob/master/USERGUIDE.md#multiple-game-files-installation

m3uやcueなど含めた複数ディスクが入ったフォルダ名を.m3u/.cueにすると単一ゲームとして認識すると。
PC98ゲームだとフォルダの中.hdiや.ccdに更にそれを記述した.cmdなんか入っててカオスですしね
ある程度統一されてくるといいなあ