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バイナリ編集と比較ができるとなると統合開発環境（Visual studioとか）しか知らない

それよりもバイナリに対応した比較ツールとバイナリエディタを併用したほうがいい
比較が専門のツールならその辺り充実してるのでそれで間に合う気がする