>>91 現象を整理する意味で、次のことを確認してくれんか。結果は急がないんで。
開発版5.0-622をDLして展開後、
　・パターン１：Dolphinを起動してそのままマウスの挙動を確認。
　・パターン２：パターン１の後、Dolphinを終了させてマウスの挙動を確認。
　・パターン３：PC再起動後、Dolphinを起動してDX11&非FullScreenに設定後、ゲームを起動しゲーム画面が表示された後にマウスの挙動を確認。
　・パターン４：パターン３の後、Dolphinを終了させてマウスの挙動を確認。
DX12が動く環境ならば、
　・パターン５：PC再起動後、Dolphinを起動してDX12&非FullScreenに設定後、ゲームを起動しゲーム画面が表示された後にマウスの挙動を確認。
　・パターン６：パターン５の後、Dolphinを終了させてマウスの挙動を確認。

http://firestorage.jp/download/287f33a2eabd305ce05883c186ae643253bbdc13
をDLしてDolphin.exeを上書き。一通り上記を試す。

結果次第だが、これでダメならオレの心当たりはスカってことで、おま環ってことかなぁ。

あと「Dolphin終了後にOS側マウスの設定？が改変される」だったか曖昧だが、過去スレにあったような気がしたけど（情報元自体忘れた）、該当する方も上記で確認してみて。