なるべく多くの情報があったほうがいいと思うので時間のある方は試してみて不具合の報告等よろしくお願いします

①まずGOMPLAYERの設定→「環境設定バックアップ」またはレジストリエディタからregファイルをバックアップしておく
②公式(http://www.gomplayer.jp/player/)からインストーラーをダウンロードする
③インストーラーを7zipで解凍する(途中で上書きのダイアログが出るけど「すべていいえ」でOK)
④解凍したフォルダを開いてGOM.exeをダブルクリックで開く(スキンを追加してる人は事前に元のスキンフォルダからコピーしておくと良い)
⑤色々なファイルを試してみる(※この際、ファイルをダブルクリックから開くと元のGOM.exeが起動してしまうので必ず画面内にD＆Dで再生させる事)
⑥一通り試したら①のregファイルをダブルクリックで設定を元に戻す
⑦解凍したフォルダはゴミ箱へ

SandboxieやReturnil Virtual System等の仮想環境が使える人はそちらでも可

見つかった不具合はこちらのスレに書き込んで下さい
お互いにとって利益になると思います