単一レイヤーの画像（またはレイヤーを統合した状態）なら
チャンネルダイアログで任意のチャンネル上で Alt＋クリック（チャンネルを選択範囲に）して…
・レイヤーの右クリックメニューから「レイヤーマスクを追加」> 「選択範囲」 > 必要なら「反転」をチェック
　　ただし、レイヤー本体の不透明度とマスクとのかけあわせになる
・またはレイヤーに「アルファチャンネルを追加」して（必要なら Ctrl＋I で選択範囲を反転） Delete（削除）


新規チャンネルでアルファチャンネルにしたい状態をつくり「チャンネルマスク（選択マスク）」にする >>467参照
（またはレイヤーかクイックマスク上でアルファチャンネルにしたい状態をつくり「チャンネルに保存」して）
→ 「チャンネルを選択範囲に」から任意のレイヤーなり最終的な統合済み画像に対して操作をする

GIMP User Manual - Ⅲ. 15. 2.2. 『チャンネルダイアログ』 - チャンネルマスク
http://www.geocities.jp/ss2pxd1c/gimp/gimp-channel-dialog.html#gimp-channel-mask