>>544
それっぽいのがあった

GIMP - Frequently Asked?Questions
"I don’t like some changes you introduced in recent GIMP versions. Why can’t you add a checkbox to disable them?"
https://www.gimp.org/docs/userfaq.html#i-dont-like-some-changes-you-introduced-in-recent-gimp-versions-why-cant-you-add-a-checkbox-to-disable-them

公式FAQではサードパーティーのプラグインへ案内してるっぽい

GIMP: Save/export clean plug-in
http://www.shallowsky.com/software/gimp-save/

・GIMP Saver プラグイン
・Save/Export clean プラグイン

> Both Saver and Save/export clean mark the image as clean,
> so you won't get an "unsaved images" warning when you quit
> just because you've saved to JPG and not XCF.

オレ自身は2.6ユーザーなので試してないけど、追加プラグインだからダメなら捨てればいいだけだし、試してみては？