ヒストリで管理してる
その他タブ → ヒストリ → PPcディレクトリの各ディレクトリを削除、で消える

他のヒストリ(コマンド履歴・エントリマスク履歴、Where is履歴など)なんかも消えて良いなら
ファイルタブ → ヒストリ → 初期化
が手軽

上でヒストリファイルの中身を空にしてるんだけど、実体は
%AppData%\TOROID\PPxの
PPWHxxxx.DAT or PPXHxxxx.DAT
ってファイル
ちなみに一端PPx終了して(起動中は開いてる)このファイル消してもおk、PPx起動で再生成される
まあ初期化ボタンが手軽

※ヒストリは「H」の方、「C」はカスタマイズ内容なので消すと大惨事