64bit版で恐らく1.64〜で以前は大丈夫だったのですが、
SHIFT+キーに%kで特定のキー指定をするとSHIFTが押しっぱなしになってしまいます
例えば
\A ,%k"C DOWN :0 DOWN" %K"@A"
実行後にSHIFTを押せば解除されます