原因はiTunesで曲情報をいじる事でHDD上の音楽ファイル名やフォルダ構造(音楽ファイルの場所)が変わってるせい。
これはiTunesがデフォルト設定では..\iTunes Media\Music\アーティスト名\アルバム名\曲名.m4a
のフォルダ構造を維持するようになってるからで、アーティスト名、アルバム名、曲名をいじると
自動で曲情報の変更に応じでファイル名やフォルダ構造も変更しちゃうから。

ファイル名やフォルダ構造が変わると同じ音楽ファイルを参照登録してたMediaGoからは
以前登録してたものは音楽ファイルがHDD上から見つからない状態に、
そして別の音楽ファイルが新たに検索フォルダ上に新規に加わったことになる。
これが二重登録になってる原因。

まぁ、ファイル名やファイルの場所が変わって、
さらにタグ内容も変わってるものを自動で一致させろなんてそりゃ無茶な話。

これを回避するにはiTunesで曲情報を変更した際にファイル名やフォルダ構造は変更しないよう設定する必要がある。
具体的にはiTunesの編集＞設定＞詳細＞iTunesMediaフォルダーを整理するのチェックを外す。
音楽ファイルの位置とファイル名が変わらず曲情報が変わっただけならMediaGoは勝手に曲情報の変更反映してくれるんで、
これでiTunesで曲情報いじったことによるMediaGo上での二重登録は起こらなくなるはず。

ただしこの設定をすると例えばアーティスト名が間違えてて直しても、
iTunes Mediaフォルダー内にある音楽ファイルは以前の誤ったアーティスト名のフォルダにある状態が維持されることになる。
iTunesもMediaGoもタグ管理のアプリだからフォルダ構造がごっちゃでも問題はないのだけど、
HDD上にある音楽ファイルが綺麗に整理されたフォルダ構造を維持できないのはあきらめるしかない。