>>307を試してみたが、>>307がファイナルアンサーみたいだった

プリセットの参照ファイルパスを書き直しでいいなら
D:\Apps\foobar2000\user-components\foo_dsp_stereoconv\Left 30deg real-sampled 44100.wav
を指定したあとで「D:\Apps\foobar2000」までを消して「ピリオド」に書き換えれば相対パス扱いになるのを確認できた （＠ポータブル版）
.\user-components\foo_dsp_stereoconv\Left 30deg real-sampled 44100.wav

必要なプリセットがひとつでいいならL/Rに必要なWAVファイルを「L.wav」「R.wav」にリネームしてfoobar2000.exeのフォルダに置いて、Stereo Convolverのデフォルト設定「l.wav」「r.wav」のままスライダだけをいじって使えばいいんじゃないの？

以前の絶対パスでつくったプリセット設定を書き換えずにそのまま使いたいなら、プリセットをロードして表示されるLeft/Right Wav Fileのパスのとおりにフォルダをつくって、必要なL/RのWAVファイルをそこにコピペするだけ
参照先がE:ドライブだったのならE:にフォルダをつくればいいし、E:がなければ適当なフォルダにドライブレターを割り当てればいい
ex.: E:\Apps\foobar2000\user-components\foo_dsp_stereoconv\LEFT.WAV