・PCの設定上アプリの起動音.wavをreply.wavに流用した
・返信ありのスレを未読のまま閉じずに起動
・reply.wav以外のが鳴っていて聞き間違い

いずれでもないならJane2ch.ini、Jane2ch.exeが変になってるかもで
Jane2ch.exeは退避させ新品を置いてみる Jane2ch.iniは退避させて新品を作らせ様子見