>>146
とてもいいヒントになりました
まず、ffmpeg で、そのまま
ffmpeg.exe -i file1.m4a file2.m4a
とやると、やっぱりビットレートが124kくらいになってしまって変換時間もかかるしファイルも大きくなります
で、書いていただいた文章をヒントに、m4a、ファイルヘッダ、修復とかで検索していくと、
MP4boxというファイルに行きつきました

MP4Box.exe
js32.dll
という２つのファイルをDLして、

mp4box -add file1.m4a file2.m4a

とすると、瞬時に処理が終了して、VLCでも早送り巻き戻しが問題なく出来るようになりました
しばらくはこれで行きます
多分、アプリの問題ではなく、ヘッダが壊れていたせいですね

DLサイト。　クリックするとDL開始ダイアログが出てくるので注意
https://ja.osdn.net/projects/sfnet_hi10p/downloads/Hi10p%20ver.1.0/mp4box/MP4Box.exe/
https://ja.osdn.net/projects/sfnet_hi10p/downloads/Hi10p%20ver.1.0/mp4box/js32.dll/