ファイル名を Mesen_p.exeに変えて起動 →ポータブル版になって設定ファイル等がMesenをインストールしたフォルダ内に作成される
画面サイズ記憶 →メモ帳等でバッチファイル作成(Mesen.exe /VideoScale=4 数字は画面倍率)してそこから起動する

ただ、GUIをメインにしてるんだからこの辺もそちらで設定できるようになればより良いね