個別だけなら、数行での直しでいけます。

・KdbCom.csをコピーして、「KdbComDataSource」と書いてある部分を「KdbCsvDataSource」と置換する
・ＣＳＶファイルがあるフォルダ名を明記
・Run()のGetIndices();行をコメントアウト
・FillDataを以下のように変更
var url = string.format（以下略　と書いてある行をコメントアウト
その下に以下追加
var filename = string.format(@"{0}\stocks_{1:yyyy-MM-dd}.csv", CSVファイルがあるフォルダ名, d2);

これをKdbComDataSource同様に、DownloadOrder.csから呼び出す。
指数に関しては、１つのURLで複数日の情報取得ができたので、CSVファイルを読むに行く仕様では別の対応が必要になる。