だからAviUtl本体で直接読み込んだ960x540の動画ファイルだろうが
拡張編集 File Readerが作った960x540の空動画だろうが
後からサイズ変更してもファイル情報は960x540のまま
そういう仕様だし何もおかしくないし、拡張編集だからどうのとか関係ない
AviUtl本体の仕様