それ以前に>>517の言ってる録画ソースは本当にVFRなのか?と思って調べてみたが
どうやらshadowplayとやらは本当にVFRなようだな
なら話は早い

録画ソースからDtsEdit.exeでtimecode.txtを抽出→普通に再エンコ→出来上がった動画にさっきのtimecode.txtを埋め込む
でイナフ

ただしカットはいいけど結合はお薦めしない
繋ぎ目以降確実に音ズレする
直す方法はあるけどクッソ面倒臭い