ちょっと気になったから調べてみたわ。
だいぶ前に自分でビルドしたr765 FFmpeg N-68790-g037b527とAvisynth wikiのとこのr929でそれぞれtsを読み込んでUt Videoで出力。
出力したAVI同士でPSNRを比較したら結果が一致した。

FFmpegのmpeg2デコーダは長いこと出力結果が変わってないので画質の違いは気にしなくてよさそう。