>>912
CitraフォルダにUserフォルダがある場合はそのUserフォルダを優先的に参照する
CitraフォルダにUserフォルダが無い場合は C:\Users\（ユーザ名）\AppData\Roaming\Citra を参照する

つまり各ビルドごとのUserフォルダを消して上記フォルダにnandやconfigやsdmcを置いておけば
複数ビルドでセーブデータなど共有できる