>>99
個別.cue＋個別.flac または 個別.flac のみのほうのフォルダを
仮ディレクトリに再コンバート（FLAC 圧縮0 CUEを作成 で高速エンコ）して CUE シートだけ回収する（すべてのFLACを外部CUEから読みこませる）か
アルバムごとに M3U プレイリストを書き出して *.M3U; を許可（すべてのFLACを外部M3Uから読みこませる）
という方法もあるが

とりあえず、これを試してみ？
*.flac;*.cue; を許可して、外部cue付きアルバムで Media Library に「読み込ませたくなファイル」を隠し属性にする