OneNote のブックの実体はただのフォルダ
セクションはそのフォルダ内の個別の .one 拡張子のファイル
という仕組みだから、ブックを１ファイルに保存とか元々無理なのよ

セクショングループも想像つくと思うが、ブックのフォルダの下にサブフォルダがあるだけ