1.9.0は確かにコントローラー設定がしずらくなってるね
それでもXboxパッドだと普通に設定できることが多い（とりあえず困ったら再起動）

アダプター＋PS2コンだとボタンを押しても反応しなかったり、他のボタンが勝手に入力されてしまうことも多い
またキーアサインも変わっていて、今までは☓→○→□→△だったのが、□→☓→△→○と入力して正常になるようだ