それでどうやって復元してるんだ？
.sdbフォルダが残ってないから復元できない。
基本的にはこの作業です。

\Local Foldersの下にある\Inbox.sbdを開く。消えたはずのフォルダ（正確には「フォルダ名.sbd」）が残っていれば復元できる。
Thunderbirdの「受信トレイ」を右クリックして「新しいフォルダ」をクリック
フォルダ名を消えてしまったフォルダと同じにして、「フォルダを作成」をクリック。