サクラエディタふぁんくらぶ part18 [無断転載禁止]©2ch.net

エディタ側の置換機能は使わずに
マクロ言語側の文字列処理で置換すればいいだけ
鬼車のような高度な正規表現は使えないけど
丸ごと読み取って、加工して、貼付け

var text = Editor.GetSelectedString(0);
text = text.replace(/ほげ/g, "hoge");
text = text.replace(/ふが/g, "fuga");
text = text.replace(/ぴよ/g, "piyo");
Editor.InsText(text);