>>145の質問中の「特定のスレ」というのを具体的に晒さないと調査出来ないけれど、
もしかしてそのスレって過去ログ取得で取得したdat落ちスレで、
そのスレ内のIDやレスアンカーにマウスポインターを当ててもポップアップしないのでは？

その場合、過去ログ取得に失敗していてPC内にスレのdatファイルがローカル保存されないので、
Jane Styleを再起動するとそのスレが自動で再表示されなかった気がする
またハッキリと覚えていないけれど、そういった取得に失敗してJaneで強制表示している過去ログスレの場合、
レス本文の最後尾に「このスレッドは過去ログ倉庫に〜」といったメッセージが表示されていた様な記憶が・・・