普通は問題ないよ。大抵は拡張子書き換えるだけでm4aとして正常に扱える。

以前調べた時には、MediaGoが作るmp4、ｘ-アプリが作る3gp、moraのmp4は、
確かタグがm4a互換のタグとソニー独自タグの２種類書き込まれていた。
なので、ソフトや機器の作りによってはソニー独自タグの存在により問題が生じる
可能性は絶対ないとは言えない。

だから、念のためバックアップ取った上で試せばいい。