ありえなくね？そんなこと起こりうるの？
とくにオプション渡さない限り
インストール版はAppData以下、
ポータブル版は同一フォルダ以下のプロファイルを読み書きすると思っていたが

考えられるポカとするとポータブル版のIronフォルダのchrome.exeを実行したんじゃないの？だとしたらそれ間違ってるから
chrome.exeになにもパラメータ渡さないとそりゃAppData以下にある既存のプロファイルを読み書きするだろうし
これが影響して若干の互換性の違いでUser Dataが破壊されたと思うこともあるかもしれんな
ポータブル版はIronPotable.exeをダブルクリックして実行することで
同一フォルダのプロファイル読み書きしろってIron\chrome.exeに渡す役割してる

\IronPortable.exe　←ここから起動する
\IronPortable.ini　←いつも使う起動オプションを書いておく　プロファイルフォルダとかは省略すると自動的に同一フォルダになってくれる
\Iron\　　　　　　←バイナリファイルがたくさん。アプデ時はここだけ上書き。普段は触らない
\Profile\　　　　　←あなたのプロファイルがDefaultに作られる。普段は触らない。消してはだめ。定期バックアップ推奨