実験してないからわからんが、
設定→イベントスクリプト→ダウンロード停止の設定で新しいスクリプト

// ダウンロード完了毎にサウンドとダイアログをポップする
var soundsPass = JD_HOME + "/themes/standard/org/jdownloader/sounds/";
//playWavAudio(soundsPass + "se_maoudamashii_onepoint23.wav"); //任意のファイルを鳴らす場合
playWavAudio(soundsPass + "captcha.wav");
alert("Download Complate");

これでどう？ちょっと試してくるわ