結局、OSクリーンインストールしてからOSのあるパーティションだけ復元するのもそうなんだろうけど、
MSR位置変更を回避するにはTIに復元中にGPTヘッダを作成させないことが必要なんだと思う。
「ディスク」にチェックを入れて全体復元指定すると多分TIがGPTヘッダを作ってる。（※勝手にエントリ変えるから当然だろうけど）
セクタ単位でも未割り当てを含めると、パーティションの個別指定ができないから回避できない。
クローン機能にしても丸ごと復元する場合はただユーザの手間を省いているだけで、
GPTヘッダを勝手に作成したりする動きは同じだから回避できないのだろうな。
同じディスクに対する復元ではMSRの位置が保持されるのは、
同じディスクと判断された場合はTIがGPTヘッダを作成するのではなく、
イメージ内にあるGPTヘッダをそのまま書き出す（パーティション構成もそれに従う）からだろうなぁと思う。
容量の不一致で縮小とかの操作が必要ないのが明らかだからなのか理由は分からないけど。

とりあえず買ったTIをお蔵入りにせず済みそうで良かった。
ヒントくれた方々どうもありがとう。スッキリして新年を迎えられそうだ。