.eelじゃなくて.eepだったわ、ウナギじゃない
よくわからんけど自己解決した

まず泥版のムペンFZで「設定」→「データ」→「game data strage location」を「external」で任意のフォルダにしておく
こうしないとどういうわけかムペンのゲームフォルダがどこにも見つからなかった（隠しフォルダを表示してもダメだった）

次にＰＣ側の作業
レトロアーチで作った.srmの64セーブデータを.eepにリネームしてpj64で読み込ませる
↓
pj64でプレイ、セーブ
↓
更新した.eepファイルをさっき設定したゲームフォルダの「SramData」に入れる
これで泥版ムペンにセーブデータ引継ぎできた

無意味な工程挟みまくってる気がしてならないが