「前回終了時の状態で起動」に設定した上で、ウインドウ4つ以上開いてる状態で終了すると次回3つしか開かない状態に頭を悩まされてたけど
どうやらウインドウ一つ一つ消していく終了の仕方が駄目だったらしく、メニューから終了を選ぶと再現しなかった。
一つ一つ消すとウインドウ履歴に加えられて、それが終了時に最後の3つ以外履歴から消えてしまうってのが原因っぽい。
これくらい保持してくれよ・・・