動画の仕様に詳しくなかったので知らなかったけど

watch/sm15543742

の動画説明文に書いてある通りH.264といってもHigh 4:4:4 Predictive Profile(Hi444PP)というプロファイルでエンコードされた動画はFlashプレイヤーだと正常に再生されないみたいね
実際sm32633512とsm32641340もプロファイルはHi444PPだった

投稿者がアップロードしたオリジナルファイルがHi444PPなのか、ニコ動側が再エンコした結果としてHi444PPになったのかは分からないけど、いずれにしろ動画ファイルが再生環境をきちんと考慮していないのは明らか

といっても今となってはほとんどの人がHTML5プレイヤーで見てるだろうから、このスレにいるようなごく一部の人しか問題が起きないので気が付かれにくい問題んなんだろうね