クローンを作ったら全部同じかと思っていたら間違い
Disk IDなどは当然変更になっているので、OSが起動時にC:ドライブのIDなどをレジストリ内でリセットしてから起動しています
従って単にドライブレターとして判断している部分ならば問題はないけれど、物理ディスクとして判断している部分はunknownとなってしまいます