>>360
言語機能としてJavaで出来てC#で出来ないことが思い当たらないなあ

C#は色々できすぎてJavaのほうが分かりやすいこともありますが．
ファイル名とクラス名の対応とか

>>375
証明書と鍵は対応方式にあっていれば使えますが
鍵はkeytoolコマンドでJavaのKeyStoreにimportする必要がありますね．

NicoCacheがサイトの証明書を一つしか扱えないので
NicoCacheCA.jarが生成するもののように
一つの証明書にワイルドカードとSubject Alternative Namesで
全部のドメインに対応できるように詰め込む必要があります．

よって使いまわすのはCAの証明書と鍵にするのが宜しいかと．
あとNicoCacheCA.jarはCAの署名方式としてSHA256withECDSAしかサポートしてません．
NicoCache本体側にはECDSAのみとかの制限はないはずです．