全部吹っ飛んで新規ダウンロードが必要な場合だと
広告出てもいいならV2C-Rで再構築が一番面倒くさくない気がする
http://v2cr.neopj.net/

新規ダウンロードが必要でパッチ使うなら例えばB11 + V2CMOD/2
B11 と readcgi.js のスレ#5 @避難所
http://jbbs.shitaraba.net/bbs/read.cgi/computer/43680/1532258948/
V2CMOD #5
http://jbbs.shitaraba.net/bbs/read.cgi/computer/43680/1531635757/