メニュー>履歴>最近の履歴を消去>すべての履歴を消去（チェックすべて入れてある状態）を実行、したところ
キャッシュや履歴は消えたもののサイトの設定(拡大率)やcookieによるサイトの設定が消えないので
試行錯誤していたところ、
設定>プライバシー>履歴
>「palemoonの終了時に履歴を消去する」にチェックを入れる>設定>空白（サイトの設定など）にチェックを入れる
>「palemoonの終了時に履歴を消去する」のチェックを外す
そうした後から最近の履歴を消去>すべての履歴を消去（チェックすべて入れてある状態）でサイトの設定などリセットされました　
一応書いておきます