>>961が言っているのはコレかな

Vista以降ではProgram Files(x86)にインストールしてるとUACの設定によってはデータファイルが
C:\Users\(ユーザー名)\AppData\Local\VirtualStore\Program Files(x86)\Jane Style
に作成される事がある
※AppDataは隠しフォルダ「隠しファイル」を表示する設定が必要
※(ユーザー名)部分は各自がWindowsを初期設定した時に依存するので人によって違う
※用語でわからないのは各自ググって

ZIP版なら（またはProgram Files配下以外に構成を正しくコピペして次からはそこで運用すれば）
そういった問題は起こらない