なんでかはわからないけど
たぶん設定したときと別のプロファイルが使われている

C:\Users\ユーザ名\AppData\Local に入れていたとき
設定が消えたり、起動しなかったり、ものすごく調子が悪かった

--user-data-dir=を指定してみたら記憶違いでなければ改善したと思う

その後ふと思いついて
C:\Users\ユーザ名\AppData\Localから追い出して別の場所に移動したら
--user-data-dir=を指定しなくてもなぜか調子がよくなった
("C:\Program Files (x86)"とかでもない)

今気になっているのは開発者ツールがときどき勝手に開くことくらい

ただ Process Explorer で見ると以前指摘してる人もいたが子プロセスの中に
--user-data-dir=C:\Users\ユーザ名\AppData\Roaming\brave
になってるものがあったりして変だなとは思う