>>911です。
レスをくださった皆様、ありがとうございます。

>>913さんのおっしゃるとおり、１行コマンドで最小化しますね。
別のアプリで、ラインの起動完了後に最小化を自動実行するような
方法も考えられますね。

公開されていたスクリプトは私が作ったものではないのでよく分からないのですが、
要はラインを起動して、起ち上がったところを待って最小化するという流れですよね。
確かにもっとシンプルにできそうな気もしますが、Auto Hot Keyについて私は詳しくないので、
どなたかに助けていただこうと書き込んだ次第です。