特定のファイルがアクティブなときってことじゃね？
if(document.FullName=="C:\Hoge\Fuga\txt")
っていう条件でもじゃまになるというのなら
Mery側で条件設定できたとしてもたいして変わらんのでは？

タブの切り替えイベントの別のマクロをつくって
カーソルが移動した時用のマクロを白紙にさせちゃえよ

HPに出された要望ですら保留されてるんだから
５ちゃんなんかぼやいていてもはじまらんだろ
別々のini設定で複数のMeryを同時起動したいみたいな要望が
ほかにも出てたからそれに便乗してきなよ
数が集まれば作者も動いてくれるとおもうぞ