そもそもレスをチェックしたのに他と同じ表示状態で良いのか？
「重要レスのみ」表示にすれば抽出できるとは思うが

http://jbbs.shitaraba.net/bbs/read.cgi/internet/8173/1269507954/312
ということだから、Res.html, NewRes.html, PopupRes.html の <MESSAGE/> の前あたりに
<!--MARKBEGIN/><MARKEND/-->
を追記してみてはどうかな？

ちなみにチェックしたレスだと分かるようにするには、<!--MARKBEGIN/> と <MARKEND/--> の間に
<font color="red">重要</font><br>
などと記述すれば良い
試してないからこれで正しいかは分からない