>>297
ムム？
自分は Firefox 56 + Greasemonkey 3.17 とかなり特殊な環境下だけど、
特に問題なく期待どおりに動作してる。(Chrome+Tampermonkey最新版でも確認)

どのページで「汚い方のURL使われる」が発生する？
hrefがきれいになっているのに、履歴に基づくリンク色が汚い方のURLのままってことかな？
なにか特殊な拡張でも入れてるのでは？と思ってしまった。
data-hrefって属性名は一見してかなりきわどい。