IDEBIOSを使用しないときにNT3.51のセカンダリのドライブ認識がおかしいのは
DA/UAが決めうちになってしまっているのが原因では。
実機BIOSでは接続ポート昇順にデバイス/ユニット番号（DA/UA)が割り振られる。

プライマリ･マスター 接続
プライマリ･スレーブ 未接続
セカンダリ･マスター 接続
プライマリ･スレーブ 接続
と接続しだ場合は

IDEBIOS有り(PC-9801BX4)
装置名 device/unit address↓・・・・・・・・・・・Cyl/Hed/Sec
IDE 接続ドライブ 内蔵#１ 80h 総容量 1960(MB) 29520/ 8/ 17
IDE 接続ドライブ 内蔵#２ 82h 総容量 1960(MB) 29520/ 8/ 17
IDE 接続ドライブ 内蔵#３ 83h 総容量 653(MB) 9840/ 8/ 17

IDEBIOS無し
装置名 device/unit address↓・・・・・・・・・・・Cyl/Hed/Sec
IDE 接続ドライブ 内蔵#１ 80h 総容量 1960(MB) 29520/ 8/ 17
IDE 接続ドライブ 内蔵#３ 82h 総容量 1960(MB) 29520/ 8/ 17
IDE 接続ドライブ 内蔵#４ 83h 総容量 653(MB) 9840/ 8/ 17

本来は#1#2#3と連番にならないといけないのに#1#2#4と飛んでしまっている。
これが原因ではないかと

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