>>149 >>151です。
様々な報告をありがとうございました。少し状況が分かってきました。
性懲りもなく,今度はオンラインアップデートではなく,アップデートモジュールをダウンロードして,再度,アップデートを行ってみました。
すると,再起動後に下記のようなエラーメッセージが出ていることに気がつきました。過去2回も出ていたのかも知れません。

'C:\Program Files (x86)\JustSystems\ATOK31T29\ATOK31IB.EXE' が見つかりません。名前を正しく入力したかどうかを確認してから、やり直してください。

私の環境では,ジャストシステム製品は C:\Program Files (x86)\JustSystems 以下にインストールしていません。
ですから,C:\Program Files (x86)\JustSystems フォルダ自体が存在しません。
ATOK31IB.EXE は,自分で選択した別のフォルダに存在しています。

どうやら,アップデートモジュールは, C:\Program Files (x86)\JustSystems 以下にATOKがインストールされていると決め打ちされているような気がします。
正常にアップデートできた皆さんは,C:\Program Files (x86)\JustSystems 以下にATOKをインストールされている環境ではありませんか? 
明日,ジャストシステムに電話できたらしてみます。