ただしPCSX2の場合、最新ハージョンは正確には非公式のやつだし
自分の場合、今まで動いていたソフトの動作がおかしくなる&新たなバグ発生とかの可能性も考えて
一応フォルダ名にバージョ名(例：「PCSX2_Dev2664」等)を付け足して同時併用するようにしてる

新しくしたバージョンのやつを一通り検証してとりあえず大きな問題がなさそうかなと判断したら
古いやつから順にmemcardsやsstatesフォルダを別の場所に移動&保存して抜いた状態で
RARで修復用リカバリ付けて圧縮してフォルダごと保存

そうして新旧バージョンごとに3つくらいの同時併用が前提のローテーションにしている