こうなると、ブレークポイントを59行目から78行目くらいまで全部設定して、F5ボタンで送りながら1行1行日経平均0101の株価取得状況を確かめるしかなさそうです。
こんな感じで↓
https://static-cdn.osdn.net/thumb/g/5/651/800x600_0.png

ポイントは、
・61行目のnikkei225に株価情報が入ったか？（画像の要領でやると株価が浮かび上がります）
・73行目を正常に通過したか

77行目から113行目に飛ぶので、113行目から123行目も全部ブレークポイントを設定しておきます。

ここでのポイントは
・113行目に入ったときに、113行目にあるcodeにカーソルを合わせて101であることを確認
・119行目のcontinueに入っていないか

121行目からData.csのUpdateDataFarmに飛びます。301行目です。

ここでのポイントは339行目から346行目を正常に通過するかなので、
346行目の「*(int*)(a + 20) = td.volume;」　この行だけブレークポイントを設定すると良いと思います。

これが終わると
Yahoo.csのUpdateDataFarm、122行目に戻ります。
ダウンロード日数分foreachでループした後、123行目からData.csのSave、281行目に飛びます。
ここはData.cs284行目のs.Write が正常に処理されればOKなので、285行目にブレークポイントを設定しておきます。
filenameにどのような情報が入っているか、0101ファイルが指定されているかもカーソルを合わせて確認すると良いかもしれません。

ここまで確認して日経平均株価0101が更新されなかったら、謎としか言いようがないですね。