>>57
2907 あじかん 3825 リミックス
9279 ギフト 4420 イーソル 3182 オイシックス

自分の環境だと全部取り込んでますね。
マーケットの設定が原因でしたら、東証1部、東証2部、マザーズ市場の銘柄は全部取り込まれないはずです。
ちなみに地方市場はOmegaChartオリジナルの時代から、取り込まない仕様になってます。

確認するポイントとして、index.txtにそれらの情報は書き込まれているか？市場は正しい設定がなされているか？
Trade Stationが出力したCSVファイルに、これらの情報が出力されているか？

確認しても問題がないということでしたら、ちょっと自分には理由がわからないです。
もし、その問題が自分の環境で発生した場合、手動でVC#を起動させて、問題の銘柄、問題の日付のデータをプログラムで走行させてエラー原因を探ると思います。