システムクローン云々とか難しいこと考えなくても、
外付けHDDにシステムバックアップを作成、
そして新たにシステムにしたいHDDも外付けで接続してディスクモードでバックアップから復元、
Partition Master FREEでパーティションサイズを必要なだけ空けて、バックアップから
パーティションモードで必要なパーティションだけ復元、
の順番でやるだけでしょ?
問題となるとしたらプライマリパーティションで全部構成しようとして上限の
4つを超えたらどーするとかその程度だと思うけど。

ただパーティション操作が絡んでくるとEnseusは2つのアプリを使い分けるのが
面倒になってくるから素直に一つで済むParagonとか使った方が楽だと思う。
あっちは裏でサービス動くとかないし。