①レジストリエディタを起動します。
②「HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Policies\Google\Chrome\PluginsAllowedForUrls」の場所まで移動します。
　人によっては「～\Policies」まではあってもGoogle以降が無い場合があるので、
　右クリック→「新規」→「キー」で「Google」とGoogle内の「Chrome」、さらに「PluginsAllowedForUrls」まで作成してください。
③「PluginsAllowedForUrls」内に「新規」→「文字列値」を作成してください。
④作成された文字列値「新しい値#[数字]」をダブルクリックし、「文字列の編集」を表示します。
　「値の名前」部分を「1」にします。次に、
　「値のデータ」内に許可したいURLをコピペなりで貼り付けます。このURLはGoogleChrome側で一度許可した時に、
　Flashの設定で表示されるURLをコピペした方が良いと思います。
　名前とデータを入力し終えたら「OK」で「文字列の編集」を閉じます。
⑤ ③，④を許可したいURL分繰り返します。
　このとき、「値の名前」は「2、3、4、……」と変更し、重複しないようにしてください。
⑥許可したいURLを追加し終えたら、GoogleChromeを再起動してください。
　設定のFlash部分の許可が追加されているはずです。　

以下は参考にしたGoogleのURLです
https://dev.chromium.org/administrators/policy-list-3#PluginsAllowedForUrls
私はなんとなくでやってしまっておりますので、こちらのURLを読んでいただくのが確実だと思います